Note come Next generation sequencing (NGS), le tecnologie di sequenziamento degli acidi nucleici di nuova generazione permettono di leggere con precisione le sequenze di singoli geni, pannelli di geni, ed intero genoma di organismi animali e vegetali, inclusi gli agenti di malattie degli acidi nucleici. Riducendo i tempi di attesa per il sequenziamento. L’applicazione di queste tecnologie, ormai diffusa in campo oncologico e farmacologico, comincia ad avviarsi anche in diversi campi della ricerca agraria.
Fra cui quelli relativi alla sanità delle piante madri di specie arboree, alla sorveglianza fitosanitaria e allo studio di complessi virali.
Nell'ambito del progetto SIRPA finanziato dal PO FESR Sicilia, Agrobiotech ha messo a punto una nuova procedura che utilizza il sequenziamento NGS e l'analisi bioinformatica di piccoli RNA interferenti (siRNA) come metodo diagnostico per accelerare la diagnosi di casi sospetti in piante di agrumi, secondo il diagramma di flusso riportato.
Il metodo consente di identificare simultaneamente i 22 virus e i 7 viroidi degli agrumi già sequenziati nonché di rilevare la presenza di tracce di altri virus e viroidi non ancora sequenziati. Inoltre, è possibile confrontare gli isolati presenti nel campione in esame con quelli già sequenziati in altri paesi e individuare eventuali varianti.
